Présentation des parcours ISDD

 



Les parcours « in silico Drug Design » - Design des Molécules Bioactives et - Modélisation des Macromolécules, du master Bio-Informatique offrent une solide formation interdisciplinaire, à l’interface de la biologie, de la chimie et de l’informatique.
Unique en France et en Europe, ils dotent les étudiant.e.s des compétences indispensables à la recherche in silico de molécules thérapeutiques et à la modélisation computationnelle des macromolécules. Ils répondent à une demande du secteur privé (entreprises pharmaceutiques, biotechnologie et de santé publique) et du secteur académique, pour former des étudiants dans ce domaine de recherche en plein essor.

Cette formation internationale IsDD propose deux parcours recherche à visée internationale, qui incluent de nombreux modules enseignés en anglais, un semestre de stage et/ ou d’étude et des stages à l’étranger et ouvrent. Elle a une reconnaissance au niveau international.
Le parcours « Design des Molécules Bioactives » offre la possibilité de valider un double diplôme franco-italien avec l’université degli studi de Milano (Milan).
Le parcours « Modélisation des Macromolécules » offre la possibilité de valider un double diplôme franco-russe avec l’universitéde Sechenov (Moscou). Ce parcours pourra aussi être réalisé en alternance.
Les parcours «In Silico Drug Design» du master Bio-informatique proposent l’ensemble des connaissances complémentaires nécessaires au processus de recherche de nouvelles molécules thérapeutiques, «Drug Discovery» par des approches computationnelles (in silico).
Les étudiants acquièrent des connaissances solides sur les composés chimiques et leur toxicité et sur les cibles thérapeutiques (macromolécules biologiques), en biochimie et physique-chimie ainsi que des notions de chimie médicinale et de médecine moléculaire. Ils acquiè;rent des compétences avancées sur la modélisation par ordinateur des interactions cibles-molécules chimiques. Ils sont formés à la modélisation, l’analyse et la prédiction des molécules thérapeutiques, des cibles biologiques et des interactions « médicament-cible ». Par exemple, aux approches in silico telles que les biostatistiques et l’analyse de données (« QSAR »), la programmation, la chemoinformatique, la bioinformatique structurale, la modélisation et dynamique moléculaire, les méthodes d’amarrage moléculaire (docking) et le criblage virtuel.

Cette formation propose deux parcours recherche internationaux, qui reposent sur deux M1 distincts et complémentaires et un M2 commun aux deux spécialités, qui permet aux étudiants de travailler à des projets à l’interface de la Chimie-Biologie :

  • Le parcours ISDD-MACROMOLECULES, « Modélisation des macromolécules » se concentre sur la modélisation des cibles macromolécules biologiques et de leurs interactions avec leurs partenaires (molécules médicaments ou autres). Ce parcours s’adresse plus particulièrement aux étudiants ayant une formation en biologie/biochimie, en bioinformatique ou du domaine biomédicale (ou à des chimistes ayant les connaissances requises en biologie), souhaitant acquérir des connaissances approfondies en modélisation des macromolécules thérapeutiques. Sous certaines conditions, ce parcours offre la possibilité aux étudiants d’obtenir un double diplôme Franco-Russe : le master Bio-Informatique Parcours ISDD- Modélisation des macromolécules, pour l’Université de Paris et le Master degree « Infirmation Systems and Technologies », spécialité « Computer modeling in pharmacology », pour l’Università de Sechenov (Moscou)
    Ce parcours pourra aussi être réalisé en alternance
    (alternance de cours à l’Université Paris Diderot et de périodes en entreprises).

  • Le parcours ISDD-MOLECULES BIOACTIVES, « Design des molécules bioactives » dédié à la modélisation des molécules bioactives et à la chimie pharmaceutique in silico. Il s’adresse plus particulièrement aux étudiants ayant une formation en chimie ou en pharmacie (ou à des biologistes ayant les connaissances requises en chimie), souhaitant acquérir des connaissances approfondies en modélisation des molécules chimiques. Sous certaines conditions, ce parcours offre la possibilité aux étudiants d’obtenir un double diplôme Franco-Italien : le master Bio-Informatique Parcours ISDD-Design des molécules bioactives, pour les Universités Paris Diderot et de Strasbourg et le Laurea Magistrale in Scienze Chimiche, pour l’Università degli Studi di Milano.





Ce master forme des professionnels(les) du privé et du public, au niveau français mais ausi européen, acteurs de la recherche par des approches in silico dans le domaine de l’innovation thérapeutique et/ou orientés vers le développement de molécules pharmacologiques.


- Contexte de cette formation :
Les méthodes de Drug Design in silico facilitent la découverte de molécules bioactives, permettent de diminuer les coûts et d’identifier plus rapidement des molécules potentiellement thérapeutiques tout en suivant les nouvelles directives visant à réduire l’expérimentation animale. En effet, ces méthodes rationalisent la découverte de molécules bioactives et de sondes chimiques nécessaires à la compréhension du Vivant et facilitent l’exploration rapide d’un maximum d’hypothè;ses pour se consacrer aux molécules qui offrent la plus grande probabilité d’atteindre la phase clinique. Plusieurs molécules commercialisées sont ainsi nées, en partie, sur un écran d’ordinateur, comme l’oseltamivir (TAMIFLU) et certaines molécules utilisées dans le traitement du SIDA. Elles sont désormais irremplaçables dans l’arsenal des découvreurs de médicaments et forment un domaine de recherche en plein essor en France et en Europe.

- Interdisciplinarité de cette formation :
Ces parcours complètent l’offre de formation en Sciences du Vivant et en Chimie par une formation avec de fortes implications dans le domaine de la Santé dont la clé de voûte est l’interdisciplinarité. Les étudiants acquièrent
- des connaissances solides sur les composés chimiques et leur toxicité et sur les cibles thérapeutiques (macromolécules biologiques), en biochimie et physique-chimie ainsi que des notions de chimie médicinale et de médecine moléculaire.
- des compétences avancées sur la modélisation par ordinateur des interactions cibles-molécules chimiques (modélisation, aux biostatistiques, à la programmation et analyse de données, la chemoinformatique, la bioinformatique structurale, la modélisation et dynamique moléculaire, les méthodes d’amarrage moléculaire et le criblage virtuel).

Cette formation à visée internationale repose sur des conventions avec les universités de Strasbourg, de Paris Descartes et depuis 2015, sur un accord de double diplôme avec l’Université degli Studi di Milano en Italie.

Il propose deux parcours recherche internationaux complémentaires incluant chacun au moins un semestre à l’étranger :

1) Pour le parcours ISDD-MACROMOLECULES (RECHERCHE), les différents semestres 1, 2 et 3 sont effectués à l’université Paris-Diderot (avec la possibilité d’effectuer le semestre 2 à l’Université degli Studi di Milano en Erasmus) et le semestre 4 en stage d’initiation à la recherche est fortement encouragé à l’étranger.
Dans le cadre du double diplôme pour les étudiants russes, ceux-ci effectueront leur 1ère année de master à l’Université de Sechenov (Moscou), le S3 à l’université Paris Diderot et le S4 en stage à l’Université de leurs choix.
Dans le cadre du double diplôme, les étudiants de Paris pourront effectuer leur semestre 2 et/ou leur semestre 4 de stage à l’Université de Sechenov (Moscou).
Pour le parcours ISDD-MACROMOLECULES (ALTERNANCE), les cours ont lieu à l’université Paris-Diderot avec alternance de périodes en entreprises.

2) Le parcours ISDD-MOLECULES BIOACTIVES (RECHERCHE) propose le semestre 1 à l’université de Strasbourg, le semestre 2 à l’Université degli Studi di Milano puis le semestre 3 à l’université Paris-Diderot et un dernier semestre de stage en France ou à l’étranger. Dans le cadre du double diplôme pour les étudiants italiens, ceux-ci effectueront leur 1ère année de master à l’Université degli Studi di Milano, le S3 à l’université Paris Diderot et le S4 en stage à l’Université degli Studi di Milano.






*Les étudiants pourront bénéficier de bourses Erasmus

En terme de logement, les universités participantes proposent des logements en résidence universitaire afin de simplifier la mobilité des étudiants pour les différents semestres de leur master (Voir liens utiles).
Cette mention de master accueille des étudiants de diverses formations initiales (universitaires ou écoles d’ingénieurs) : biochimie, chimie, biologie, biologie-informatique, secteur médical, pharmacie, sciences biomédicales.


Cette formation offre de nombreux débouchés avec une très forte demande sur le marché de l’emploi.
Elle forme des professionnels(les) du privé et du public, acteurs de la recherche par des approches in silico dans le domaine de l’innovation thérapeutique, orienté vers la validation de cibles thérapeutiques et le développement de molécules pharmacologiques. Les compétences acquises par les étudiants lors des différents modules et de leur projets commun, leur offrent des débouchés dans la phase initiale de rationalisation et d’optimisation de la découverte de nouvelles molécules candidates médicaments, dans la maîtrise (et/ou le développement) des méthodologies et des logiciels permettant d’accélérer le processus de recherche des nouvelles molécules candidates médicaments.
Il y a de nombreuses opportunités de poursuite en doctorat en France ou à l’international, mais aussi des possibilités d’insertion directe en milieu professionnel (industrie pharmaceutique ou EPST) après le Master (ou au cours du parcours en alternance). Elle offre des débouchés dans des industries pharmaceutiques et des « jeunes pousses », des laboratoires de recherche nationaux ou internationaux, privés ou académiques ou leur permet de poursuivre leurs études en effectuant un doctorat français ou international. Les étudiants obtiennent des postes d’ingénieur, assistant de recherche ou manager directement après le M2 ou en tant que chef de projet, chercheur, responsable de plate-forme, après une thèse.

Les débouchés sont à finalité recherche et pro, l’orientation se fait au niveau du choix des stages de recherche en laboratoires académiques ou en entreprises privées. 98% des étudiants sont recrutés dans les 2 années qui suivent leur master. Plus de 60 dans les deux mois qui suivent la soutenance du Master

Cette formation a une forte orientation internationale, car son but est de former des étudiants dans un domaine de recherche en pleine expansion au niveau international et qu’ils puissent s’intégrer dans des projets de recherche internationaux. La formation internationale des parcours ISDD (les interventions de professeurs internationaux, les semestres d’étude et de stage à l’étranger, le double diplôme) ouvre très largement les opportunités de débouchés au niveau international, aussi bien en thèse qu’en CDD, mais aussi les opportunités de recrutement en France.

Le camembert illustre la répartition des étudiants en privé et en thè;se nationale ou internationale.