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Mise à niveau en Toxicologie (Biochimie) -Méthodologie
Responsable : A-C CAMPROUX
Programme :
Le but du cours est d’initier les étudiants à différentes méthodes expérimentales permettant de détecter et caractériser des interactions moléculaires, de leur présenter des outils en biochimie, nécessaires à la compréhension du drug design : Le « drug designer » est en général à l’interface entre le biologiste, le clinicien et le chimiste. Il doit donc avoir une initiation aux méthodes biophysiques utilisées dans des projets de « drug design ». Pour la modélisation in silico en drug design, des biostatistiques de base sont un prérequis crucial.
Nécessaire en Toxicologie et biochimie (J. Dairou, V Arluison, F. Rodrigues)
Le « drug designer » doit avoir une initiation à certaines méthodes biophysiques fréquemment utilisées dans des projets de « drug design ». Il existe ainsi un large éventail de méthodes biophysiques qui permettent d'étudier les interactions protéine/protéine ou protéine/ligand en définissant la zone de contact ou caractérisant les constantes thermodynamiques et/ou cinétiques qui régissent l'interaction. Les méthodes permettant de comprendre les principes de bases de thermodynamique, diffusion, et les méthodes optiques seront abordées. Notamment, certaines techniques physico-chimiques telles que diffusion de la lumière, les méthodes optiques, le dichroïsme linéaire et circulaire, la fluorescence et les spectroscopies UV-visible. De plus, le cours va introduire trois autres méthodes expérimentales pour l’identification et la caractérisation des interactions des biomolécules in vitro : la Résonance Magnétique Nucléaire, la Calorimétrie de Titrage Isotherme (ITC), le FRET, acronyme de "Fluorescence Resonance Energy Transfert", et BRET, acronyme de "Bioluminescence Resonance Energy Transfer".
Des articles utilisant d’autres approches fondamentales pour le « drug design » telles que la Résonance Plasmonique de Surface (RPS) et les méthodes immunologiques (tests ELISA, GST pulldown), seront analysés et présentés par les étudiants. Le cours comportera des enseignements d’enzymologie centres en particulier sur l’étude des interactions entre enzymes et ligands (substrats, inhibiteurs, effecteurs allostériques...).
Rappels de Biostatistique, R et biostatistique de base (A. Badel, A-C Camproux)
Formation en R et Biostatistique aux étudiants pour manipuler et analyser des données. A l’issue de la formation, le but est que les étudiants sont à même de déterminer l’analyse statistique qui peut répondre à la question biologique posée et mettre en œuvre cette analyse. Interpréter et conclure sur les résultats statistiques et biologiques de leur étude.
Rappels de probabilités, introduction aux biostatistiques
- Estimation et inférence statistique
- Tests classiques, test de Student, test du Chi2
- Test du coefficient de corrélation de Pearson et régression linéaire simple
Fundamentals+of+Biostatistics (Chapters [1,13]) in English (available on the internet) n anglais (accessible sur internet) est un support adapté : https://collegelearners.com/ebooks/fundamentals-of-biostatistics-8th-edition-pdf-free/
Nécessaire de chimie pour le drug design : (N. Triballeau)
Le but du cours est d’initier les étudiants à différents outils en chimie, nécessaires à la compréhension du drug design méthodes et à la caractérisation des interactions moléculaires Le « drug designer » est en général à l’interface entre le biologiste, le clinicien et le chimiste. Il doit donc avoir une initiation aux méthodes biophysiques et aux notions de chemical chemistry utilisées dans des projets de « drug design ».
He/she must therefore have an introduction to biophysical methods and chemical chemistry concepts used in drug design projects.
Pharmacophore, Chemical chemistry toolbox,
"Atoms useful for drugs, hybridization, chemical functions, heteroaromatics, families of drugs IUPAC names & nomenclatures Isomers, Tautomers Stereochemistry, pseudo stereochemistry pKa of common groups, Most reactive groupsPreferred
conformations of important groups (3, 4, 5 and 6 saturated rings, amide, sulphonamide, biphenyls)- Introduction to matched molecular pair analysis - Elements of IP (Intellectual Property), SciFinder (CAS database query software)"
Le but du cours est d’initier les étudiants à différentes méthodes expérimentales permettant de détecter et caractériser des interactions moléculaires, de leur présenter des outils en biochimie, nécessaires à la compréhension du drug design : Le « drug designer » est en général à l’interface entre le biologiste, le clinicien et le chimiste. Il doit donc avoir une initiation aux méthodes biophysiques utilisées dans des projets de « drug design ». Pour la modélisation in silico en drug design, des biostatistiques de base sont un prérequis crucial.
Nécessaire en Toxicologie et biochimie (J. Dairou, V Arluison, F. Rodrigues)
Le « drug designer » doit avoir une initiation à certaines méthodes biophysiques fréquemment utilisées dans des projets de « drug design ». Il existe ainsi un large éventail de méthodes biophysiques qui permettent d'étudier les interactions protéine/protéine ou protéine/ligand en définissant la zone de contact ou caractérisant les constantes thermodynamiques et/ou cinétiques qui régissent l'interaction. Les méthodes permettant de comprendre les principes de bases de thermodynamique, diffusion, et les méthodes optiques seront abordées. Notamment, certaines techniques physico-chimiques telles que diffusion de la lumière, les méthodes optiques, le dichroïsme linéaire et circulaire, la fluorescence et les spectroscopies UV-visible. De plus, le cours va introduire trois autres méthodes expérimentales pour l’identification et la caractérisation des interactions des biomolécules in vitro : la Résonance Magnétique Nucléaire, la Calorimétrie de Titrage Isotherme (ITC), le FRET, acronyme de "Fluorescence Resonance Energy Transfert", et BRET, acronyme de "Bioluminescence Resonance Energy Transfer".
Des articles utilisant d’autres approches fondamentales pour le « drug design » telles que la Résonance Plasmonique de Surface (RPS) et les méthodes immunologiques (tests ELISA, GST pulldown), seront analysés et présentés par les étudiants. Le cours comportera des enseignements d’enzymologie centres en particulier sur l’étude des interactions entre enzymes et ligands (substrats, inhibiteurs, effecteurs allostériques...).
Rappels de Biostatistique, R et biostatistique de base (A. Badel, A-C Camproux)
Formation en R et Biostatistique aux étudiants pour manipuler et analyser des données. A l’issue de la formation, le but est que les étudiants sont à même de déterminer l’analyse statistique qui peut répondre à la question biologique posée et mettre en œuvre cette analyse. Interpréter et conclure sur les résultats statistiques et biologiques de leur étude.
Rappels de probabilités, introduction aux biostatistiques
- Estimation et inférence statistique
- Tests classiques, test de Student, test du Chi2
- Test du coefficient de corrélation de Pearson et régression linéaire simple
Fundamentals+of+Biostatistics (Chapters [1,13]) in English (available on the internet) n anglais (accessible sur internet) est un support adapté : https://collegelearners.com/ebooks/fundamentals-of-biostatistics-8th-edition-pdf-free/
Nécessaire de chimie pour le drug design : (N. Triballeau)
Le but du cours est d’initier les étudiants à différents outils en chimie, nécessaires à la compréhension du drug design méthodes et à la caractérisation des interactions moléculaires Le « drug designer » est en général à l’interface entre le biologiste, le clinicien et le chimiste. Il doit donc avoir une initiation aux méthodes biophysiques et aux notions de chemical chemistry utilisées dans des projets de « drug design ».
He/she must therefore have an introduction to biophysical methods and chemical chemistry concepts used in drug design projects.
Pharmacophore, Chemical chemistry toolbox,
"Atoms useful for drugs, hybridization, chemical functions, heteroaromatics, families of drugs IUPAC names & nomenclatures Isomers, Tautomers Stereochemistry, pseudo stereochemistry pKa of common groups, Most reactive groupsPreferred
conformations of important groups (3, 4, 5 and 6 saturated rings, amide, sulphonamide, biphenyls)- Introduction to matched molecular pair analysis - Elements of IP (Intellectual Property), SciFinder (CAS database query software)"