Programme :
Analyse structurale de la cible PRÉPARATION AU 3D- STRUCTURE-BASED
Optimiser une cible thérapeutique, modéliser les boucles d’une cible. Analyse de la structure des protéines et de leur variabilité au niveau global, locale et des poches. Recherche de poches druggables et de l’effet des mutations.
Compétences visées: Donner aux étudiants les bases d'une exploration avancée de la structure des protéines en vue d'une préparation à la recherche de composés actifs

Analyse des Macromolécules 3D :
1) Construction de modèles 3D de protéines par modélisation par homologie et alignement de séquence avancée (modeller, pymol), optimisation des boucles
2) Etude des mutations et de la variabilité structurale, (SA-Conf )
3) Identification-estimation des poches et leur druggabilité (Pockdrug )
4) Métadynamiques et dynamiques accélérées
5) MMPBSA