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(Responsable : D. FLATTERS)
Analyse dynamique des cibles I (2 ECTS)
Responsable: D. FLATTERS
Programme :
Comprendre les notions théoriques gouvernant les techniques de modélisation moléculaire (champ de force, minimisation, dynamique moléculaire)
- Champ de forces semi-empirique et mécanique moléculaire : description des forces de base (Potentiels harmoniques et de torsion, interactions électrostatiques, interactions de van der Waals)
- Optimisation de géométrie moléculaire (minimisation d'énergie)
- Simulation et Analyse trajectoire de dynamique moléculaire (DM) (algorithme & calculs de propriétés conformationnelles
Chaque thème sera abordé de manière théorique en CM et de manière pratique en TP (modélisation d’une biomolécule dans l’eau avec le logiciel GROMACS)
Compétences visées :
Modéliser un système moléculaire de base (une biomolécule dans l’eau). Savoir comment appliquer ces notions aux biomolécules (peptides, protéines, etc.)
Lecture critique une publication utilisant la modélisation moléculaire. Être capable d’effectuer un stage dans un laboratoire utilisant la dynamique moléculaire.
Analyse dynamique des cibles II (2 ECTS)
Comprendre les notions théoriques gouvernant les techniques de modélisation moléculaire (champ de force, minimisation, dynamique moléculaire)
- Champ de forces semi-empirique et mécanique moléculaire : description des forces de base (Potentiels harmoniques et de torsion, interactions électrostatiques, interactions de van der Waals)
- Optimisation de géométrie moléculaire (minimisation d'énergie)
- Simulation et Analyse trajectoire de dynamique moléculaire (DM) (algorithme & calculs de propriétés conformationnelles
Chaque thème sera abordé de manière théorique en CM et de manière pratique en TP (modélisation d’une biomolécule dans l’eau avec le logiciel GROMACS)
Compétences visées :
Modéliser un système moléculaire de base (une biomolécule dans l’eau). Savoir comment appliquer ces notions aux biomolécules (peptides, protéines, etc.)
Lecture critique une publication utilisant la modélisation moléculaire. Être capable d’effectuer un stage dans un laboratoire utilisant la dynamique moléculaire.
Analyse dynamique des cibles II (2 ECTS)
Responsable: G. MOROY
Programme :
Savoir sélectionner les outils bioinformatiques adéquats à l’étude de la flexibilité d’une protéine.
Etude de la flexibilité des protéines.
Analyse des résultats de simulation de dynamiques moléculaires.
Objectifs en termes de connaissances :
Savoir appliquer les connaissances acquises pour l’étude de la dynamique de protéines à la modélisation d’une cible thérapeutique.
Savoir sélectionner les outils bioinformatiques adéquats à l’étude de la flexibilité d’une protéine.
Etude de la flexibilité des protéines.
Analyse des résultats de simulation de dynamiques moléculaires.
Objectifs en termes de connaissances :
Savoir appliquer les connaissances acquises pour l’étude de la dynamique de protéines à la modélisation d’une cible thérapeutique.