Programme :
Cette UE a pour but de fournir un apprentissage pratique de la préparation in silico de chimiothèques en vue d’un criblage virtuel, basé sur la structure de ligands de référence et d’effectuer un criblage virtuel ligand-based. Le programme comprend des parties
- Maîtrise des différents formats de fichier molécule et manipulation des formats PDB, smile, SMARTS, mol2, MDL-sdf, molécules 3D avec Pymol, Avantages, limitations et cadres d’utilisation de différents types de fichiers.
- Génération de modèles moléculaires tridimensionnels pour des petites molécules (1D/2D à 3D) et des calculs des descripteurs de ligands et transformation de format et de dimensions 2D à 3D à l’aide de logiciels ( knime rdkit, frog et openbabel) (différents comportements : changement de Smart, isomère, tautomère)
- Visualisation des descripteurs, visualisation des molécules
- Pharmacophores & principales règles ADME/tox : Lipinski, Weber, Egan, ... Notion de Frequent, Hitter, Aggrégants, Fragments toxiques à l’aide FAFdrug,
- Criblage ligand-based, (notion de decoys)

Objectifs en termes de connaissances :
Apprentissage pratique de la préparation in silico de chimiothèques en vue d’un criblage virtuel, basé sur la structure de ligands de référence incluant une partie i) génération de modèles moléculaires tridimensionnels pour petites molécules (1D/2D à 3D), Comment passer du 1D-2D-3D ii) calculs des descripteurs de ligands, iii) les aspects pharmacocinétiques (ADME/tox) reposant sur des critères physico-chimiques spécifiques, iv) application d’un criblage en ligand-based.
Compétences visées :
Génération de librairie de composés et criblage en ligand-based.